El término de Almedina se encuentra entre dos cuencas hidrográficas, perteneciendo la parte norte a la Cuenca del Guadiana, por donde pasa el Arroyo Oregón (afluente principal del río Jabalón), y la parte sur a la Cuenca del Guadalquivir, donde destaca el Río Guadalén, que tiene su origen en los manantiales que brotan al sur del municipio y del cual parten un gran número de arroyos.

En la parte sur del municipio destacan las elevaciones del terreno, como cerros y los denominados “Pizorros”. En toda esta zona también destacan los cursos fluviales, formando pequeños relieves acarcavados, colinas y barrancos, creando así lugares relevantes, como los Baños de Brochales y los Barrancos, y las emanaciones de agua subterránea en forma de numerosas fuentes naturales y de charcos, destacando el Charco del Gitano, que presenta agua durante todo el año. Cuanto más se avanza hacia al norte estas elevaciones y barrancos son menos frecuentes, hasta alcanzar una zona más uniforme, donde aparecen zonas compuestas de arcillas rojas de descalcificación o también llamadas “Terra rossa”.