El territorio de Almedina queda dividido en tres partes claramente diferenciadas y unidas a su vez, por su núcleo, situado en el centro del término municipal. Esas tres zonas son las siguientes:
El norte de Almedina, que se corresponde con una zona un tanto llana y con formaciones de rocas calizas (Zahurdillas, Pulido, Molinillo, etc.). En esta zona predomina una vegetación rara formada a base de pequeños matorrales, sobre todo pequeños chaparros y tomillo. En ella se encuentra el cauce del río Oregón que nos ofrece una vega amplia y apta para el cultivo. Aquí es donde encontramos la mayor parte del mosaico agrario de Almedina, conformado sobre todo por olivar y viñedo, y también una zona considerable de huertas de regadío.
La zona oeste de Almedina se corresponde con la zona de transición hacia la zona montañosa. Es una zona que presenta pequeñas terrazas fluviales con suelos arcillosos, además de pequeños arroyos como el de las “Cañadas” y el del “Salidillo”. Los parajes que representan esta zona son: Haza de la Iglesia, Loma de las Traperas y El Cañuelo.
La zona sur de Almedina, de carácter montañoso con cerros de considerable altura y grandes formaciones de roca de cuarcita y pizarra (Pizarro Cuchillo, Pizarro del Chaparral, Pizarro del Comendador, La Pizorra, etc.). Estas formaciones se encuentran dispersas por todo el sur de Almedina y a ambos lados del cauce del río Guadalén que, a su paso por el término, ha creado un amplio valle fértil con suelos muy aptos para el cultivo. El significado en árabe de Guadalén es “río de la fuente”, en alusión a la Fuente Imperial de Carlos V (situada en la ladera noroeste del casco histórico), que supone la mayor y más estable aportación de caudal hídrico al cauce del río en el ámbito de su nacimiento.